che la nuova ROM ha cambiato qualche file in system.
La recovery che ho linkato nella guida, la TWRP_3.0.0-3, fra le tante che ho testato dovrebbe essere esente da bug(temperatura CPU non letta, montaggio OTG mancante, supporto EX-FAT mancante, lingua).
In più a differenza di altre, il wipe di system non ti cancella gli indirizzi MAC delle varie schede (WIFI e bluetooth) e gli IMEI, quindi sei sicuro di non incappare nei problemi che di solito trovi in tanti forum, cioè telefono inutilizzabile finchè non ne metti di nuovi.
Se non funziona dovresti provare a riflashare la recovery, e poi il backup, spero di no.