Qualcuno usa un'applicazione per mantenere il root in caso di OTA, non ho verificato personalmente se funzioni nel pasaggio da 4.1.2 a 4.2.
Per rifare invece il root sulla 4.2 un metodo che funziona sicuramente è quello classico: installare una recovery custom (va bene anche con il toolkit 3.2.0) e poi dalla recovery flashare il file del root (con "install zip from sdcard").
Il toolkit permette invece di rootare senza mettere una recovery custom. Io avevo avuto degli inconvenienti con la 3.2.0 ma in effetti potrebbe essere stato solo un problema mio (?), in ogni caso con una versione recente del toolkit come hanno già detto non ci sono problemi