Io siccome avevo una rom cucinata ho formattato tutto, completamente vuoto, nessuna applicazione. Poi ho flashato la rom stock 2.3.6 e poi ho installato l'aggiornamento ad ICS.
Teoricamente però se tu hai già la rom stock 2.3.6 con le tue applicazioni dovrebbe mantenere tutto, sia applicazioni che settaggi. Così pare da quel che leggo su xda.
Le app acquistate cmq anche se le cancelli le puoi riscaricare senza ripagarle chiaramente, quelle sono legate al tuo account gmail