A parte che io non usa 1000 applicazioni, al massimo ne uso 15 20 oltre quelle della rom, comunque con es file explorer mi faccio un backup degli apk e poi li reinstallo senza ri scaricarli.
Se uno ha tantissime applicazioni viene scomodo ovviamente, però qui tutti usano titanium e vedo che non da problemi.
Hai verificato come dice @dlenoc che il problema non sia che tu hai ripristinato in sd o spostato in sd?
Non saprei come aiutarti altrimenti.