Hai due possibilità, se hai parecchie applicazioni installate puoi fare un hard reset prima e poi fare l'aggiornamento ad Android 6 e poi fai un ulteriore hard reset, oppure se hai pazienza di aspettare un po' di più, fai solo l'hard reset dopo l'aggiornamento ad Android 6.
Con il passaggio ad una versione superiore l'hard reset è sempre consigliato per evitare problemi.
Ovviamente come ti è già stato detto fai prima il backup di tutto quello che ti serve.