HandBrake mi ha salvato 
La configurazione usata e' la seguente:
codice:
Video container: MP4 (estensione file .m4v)
Video codec: MPEG4 (ffmpeg)
Audio codec: AAC
Bitrate video di buona qualita': da 700 a 900, dipende molto anche dal video di origine
Bitrate audio di buona qualita': 128 kbps
Risoluzione video: 320x240 (croppare secondo necessita')
Incollo anche l'output di mplayer -identify del video codificato:
codice:
libavformat file format detected.
ID_VIDEO_ID=0
[lavf] stream 0: video (mpeg4), -vid 0
ID_AUDIO_ID=0
ID_AID_0_LANG=und
[lavf] stream 1: audio (aac), -aid 0, -alang und
VIDEO: [MP4V] 320x240 24bpp 25.000 fps 836.2 kbps (102.1 kbyte/s)
Clip info:
major_brand: mp42
ID_CLIP_INFO_NAME0=major_brand
ID_CLIP_INFO_VALUE0=mp42
minor_version: 0
ID_CLIP_INFO_NAME1=minor_version
ID_CLIP_INFO_VALUE1=0
compatible_brands: mp42isom
ID_CLIP_INFO_NAME2=compatible_brands
ID_CLIP_INFO_VALUE2=mp42isom
encoder: HandBrake 0.9.5 2011010300
ID_CLIP_INFO_NAME3=encoder
ID_CLIP_INFO_VALUE3=HandBrake 0.9.5 2011010300
ID_CLIP_INFO_N=4
ID_DEMUXER=lavfpref
ID_VIDEO_FORMAT=MP4V
ID_VIDEO_BITRATE=836176
ID_VIDEO_WIDTH=320
ID_VIDEO_HEIGHT=240
ID_VIDEO_FPS=25.000
ID_VIDEO_ASPECT=1.3333
ID_AUDIO_FORMAT=MP4A
ID_AUDIO_BITRATE=127776
ID_AUDIO_RATE=44100
ID_AUDIO_NCH=2
ID_START_TIME=0.00
ID_LENGTH=216.48
ID_SEEKABLE=1
ID_CHAPTERS=0
==========================================================================
Opening video decoder: [ffmpeg] FFmpeg's libavcodec codec family
Selected video codec: [ffodivx] vfm: ffmpeg (FFmpeg MPEG-4)
==========================================================================
ID_VIDEO_CODEC=ffodivx
==========================================================================
Opening audio decoder: [faad] AAC (MPEG2/4 Advanced Audio Coding)
AUDIO: 44100 Hz, 2 ch, s16le, 127.8 kbit/9.05% (ratio: 15972->176400)
ID_AUDIO_BITRATE=127776
ID_AUDIO_RATE=44100
ID_AUDIO_NCH=2
Selected audio codec: [faad] afm: faad (FAAD AAC (MPEG-2/MPEG-4 Audio))
==========================================================================
AO: [pulse] 44100Hz 2ch s16le (2 bytes per sample)
ID_AUDIO_CODEC=faad
Starting playback...
Movie-Aspect is 1.33:1 - prescaling to correct movie aspect.
ID_VIDEO_ASPECT=1.3333
VO: [xv] 320x240 => 320x240 Planar YV12
Spero che sia di aiuto per qualcuno 
Ciao!