Suppongo tu abbia ormai risolto, il problema è che Nova è l'unico launcher sotto /system e android non si avvia senza...
Si, è capitato ad alcuni. Nei casi in cui la sd interna non venga più vista basta andare in recovery, fare un wipe /data e installare la rom. Nel tuo caso installare la rom due volte ha funzionato perchè l'installer ha fatto lo wipe data
Vorresti ripartizionare a quanto? 7GB? Ecco i file ebr per flashtool https://www.dropbox.com/s/kibbcolhwqhq5wp/7GB.zip
Se vuoi puoi provare a smontare per vedere se è partito qualche collegamento, ma non saprei dirti cosa guardare...