Allora..... che ROM hai... che recovery hai.... cosa hai provato a fare..... hai messo una recovery TWRP? Sai come metterla? non fa niente le cose che hai modificato... io ho installato OTA da recovery con:
Xposed;
GravityBox;
Kernel modificato;
Permessi di Root attivati...
Se vuoi posso dirti un paio di oprocedure adottate da me x due ROM.... intanto ti consiglio di metterti la TWRP modificata per gli OTA oppure di ripristinartli la recovery originale onde poter caricare un OTA manualmente.... ma se avevi una TWRP e decidi di metterti l'originale, ti consiglio di farti prima un backp completo della ROM che hai.... saluti