Quando colleghi il telefono al PC in modalità "archivio USB" (presumo che usi questa modalità) la SD interna e quella esterna vengono "smontate" sul telefono e "montate" sul PC.
Da quel momento saranno accessibili dal PC ma non dal telefono.
Nel momento in cui scolleghi il telefono dal PC o disattivi la modalità "archivio USB", la SD interna e quella esterna vengono "smontate" sul PC e "montate" sul telefono.
Da quel momento saranno accessibili nuovamente dal telefono.
Una volta montate sul telefono viene eseguita una scansione per rilevare eventuali modifiche ai file.
Tu non devi fare nulla, non occorre che monti/smonti le SD, è tutto automatico. Se non trovi subito i file che hai copiato è possibile che in quel momento non siano ancora stati rilevati dal file manager (se li cerchi con un file manager) che non ha aggiornato la lista dei file