Sì va benissimo, il secondo è un file vuoto e vanno entrambi nella stessa posizione, ovvero la memoria principale /storage/sdcard0/
Quei due file che hai creato serviranno quando installerai di nuovo le gapps, quindi se stai rimettendo le apps manualmente mms.apk va in /system/priv-app mentre gallery2.apk va in /system/app
I permessi sono gli stessi, ovvero rw-r-r