System é la partizione dove sta la rom. Ogni volta che flashi un aggiornamento questa viene sovrascritta. Il wipe di questa partizione prima del flash garantisce una pulizia più accurata. Quindi é consigliabile sopratutto se flashi poco frequentemente o in generale quando dal changelog vedi che ci sono molte novità.
Naturalmente assicurati di avere nella sd lo zip della rom prima di flashare.