Perfetto, adesso mi è tutto chiaro! :-D
Dunque ricapitolando:
Alla notifica di aggiornamento basta selezionare "Uninstall" su Xposed ed è possibile eseguire gli aggiornamenti OTA nel classico modo direttamente dal telefono.
Quando finito si riabilitano i privilegi di root e poi su Xposed seleziono "Install/Update" senza perdere assolutamente nulla.
Fantastico!
Sarebbe da provare la OTA Survival Mode di SuperSU, per aver un passaggio in meno da fare.