Prima di tutto aggiorna all'ultima versione di TWRP, scaricandola da qui TeamWin Projects - TWRP 2.8 - HTC One S | TeamWin .
Dopodichè devi verificare che la versione di ViperOneS sia corretta. Ricordo che, per esempio, ho avuto problemi installando la versione 3.1.3, mentre la 3.2.0 si installa perfettamente.
In ogni caso il problema sta più a monte: se il tuo pc non riconosce il device probabilmente mancano i driver necessari. Hai Linux, Windows o Mac?