Se flashi una rom sovrascrivi kernel e recovery per cui perdi il root.
I dati invece non li sovrascrivi per cui se sono compatibili la rom funziona, altrimenti va in bootloop e devi fare il reset da recovery.
Per cui se passi da due rom contigue (501 511) e pure stock lasciare i dati non dovrebbe darti problemi (in ota non li da) e ti ritrovi tutto già configurato.
Se invece vai su rom cucinate o anche solo alleggerite il reset è caldamente consigliato.