Prova ad andare in system/app con un gestore file root
Cerca phone.apk e controlla che i permessi siano come le altre app.
Dovrebbero essere rw- r-- r--
Se li è ok forse devi rimuovere il file phone.odex che dovrebbe essere in data/app, ma non eliminarlo lo tagli e lo copi in altri posto.
Poi riavvia
Comunque non preoccuparti che se flashi un firmware risolvi.
Anto