Qualche post indietro chiedevi suggerimenti su AudioFX e simili... che possono essere installati anche modificando la partizione system.
Se una di queste modifiche fosse la causa dei rallentamenti puoi rimuoverle reinstallando CM12.1.zip, che effettua in automatico una formattazione di system.
Se nemmeno si tratta di questo allora hai semplicemente installato delle app sufficienti a mettere in difficoltà la rom, per cui non c'è molto che tu possa fare.