Allora la mia procedura è questa, ditemi se sbaglio qualcosa, da recovery:
wipe data / factory reset, wipe cache, wipe dalvik cache, format /system, install zip. Più pulita di questa non so cosa ci sia.
Rimane il fatto che ogni volta che svolgo la stessa procedura con la CM 10.1.3, il problema dei glitch grafici scompare e le animazioni vanno tutte lisce.
Provo a riscaricare la ROM, altrimenti aspetto la M10 e vedo come va.