Io quando passo da una rom ad un'altra (sia essa aosp o samsung) non faccio nessun deep... tutti i wipe e format system da recovery, successivamente non ripristino MAI le app con titanium o simili e non ho mai avuto problemi...
Ciò non toglie che la procedura di deep clean sia utile... anzi, esclude eventuali problemi legati al flash "sbrigativo" come il mio.