Ciao,
premetto che io in GMail ho disabilitato le Tab della Posta in arrivo; comunque Zooper funziona correttamente visualizzando Zero se non ho Email non lette e 1 (o 2, 3, 4, ecc.) se ho una email non letta.
Su XDA per un problema simile consigliavano di Pulire la Cache della App. Zooper.