ah i apk tipo widget, titanium o altri che devono essere sempre funzionanti (normalmente non te lo permette già ), ma non li devi collegare con link2sd e se te li collegase vai a rimuovere il collegamento...
allora non ho capito bene cosa ti sta succedendo (penso che hai qualche impostazione che da problemi), comunque prima di tutto hai possibilità di provare un' altra sd ci fosse qualche problema (anche un 2 gb, la partizioni e provi a qualcuno è già successo di avere problemi con sd ) se non cambia fai i wipe da recovery, se vuoi mettere il polacco che è l' ultimo ed è stabile (prima formatta pure la ext3 da minitool...), poi rifai cwm root e poi procedi con link2sd , immagino che hai fatto ho installato qualcosa che ti crea questi problemi che non divresti avere ...