Ad essere sincero, non saprei...
Però ci sono alcune rom (MIUI, Mokee e le ultime SlimRom) che hanno una ramdisk differente rispetto alle CM, e quindi la boot.img del kernel non risulta essere completamete compatibile con queste rom se non vengono apportate le relative modifiche nella ramdisk.
Gli sviluppatori delle rom hanno rilasciato alcuni kernel, tra cui il mio kernel, resi compatibili per essere usati con quelle rom.
Non ho avuto modo di controllare se si sia persa qualche personalizzazione fatta sul mio kernel originale (che include alcune customizzazioni anche lato ramdisk), bisognerebbe chiederlo allo sviluppatore della rom.