Ciao.
Anch'io avevo il tuo stesso problema e finalmente sono riuscita a risolvere.
Siccome ci ho penato parecchio, provando tutte le soluzioni trovate sul web, ma senza nessun risultato, ti rispondo anche se è passato parecchio tempo dalla tua domanda, sperando possa esserti ancora utile.
Ho risolto creando, nella cartella che intendevo non visualizzare in galleria, il classico file .nomedia utilizzando ES-GestoreFile (e fin qui,dirai, lo sapevo anch'io) e poi HO DATO IL COMANDO DI AGGIORNA al gestore file, nella cartella dove ho creato il file.
Questa azione, immagino, forza una riscansione del contenuto della directory che và magicamente ad impattare sulla galleria.
Guarda che non ero mai riuscita ad ottenere questo effetto, neanche ripulendo tutta la cache del cellulare e rebbotstrappando!! (al di là del tempo che ci vuole!!!)
E neanche cercando di ottenre un rescan di MediaScanner come variamente indicato sulla rete.
Io ho un Galaxy S4 con Android 4.4.2
Spero che la cosa funzioni anche per te
Ciao
Licia