Se lo porti in assistenza sbrandizzato è a loro discrezione se far valere la garanzia o no, alcuni fanno storie altri no, però puoi sempre rimettere firmware originale e nessuno ti può dire niente.
Gli aggiornamenti puoi farli con Pc Companion, io per esempio ho messo GB Germany con Flashtool e poi ho fatto l'aggiornamento ad ICS con PCC, di fatto installi software ufficiale Sony.