Ho notato che succede anche a me, io o solo la sincronizzazione con Gmail, sembra che il problema sia dovuto a Whatsapp, dico questo perché i contatti duplicati sono solo quelli con annesso Whatsapp, quelli singoli non hanno Whatsapp.
Addirittura mi succede con il vivavoce Bluetooth dell'auto se sfoglio la rubrica non mi fa visualizzare i contatti abbinati ad un account Whatsapp, ciò mi da fastidio perché se qualcuno chiama, vedo il numero sul display dell'auto ma non il nome.
Azzardo a dire che il problema sia sorto quando anno implementato le chiamate di Whatsapp, prima non mi ero accorto del problema.
Spero si risolva a breve il problema.