Premetto che ad ogni reset di fabbrica non dovresti perdere gli imei in quanto il wipe data non intacca la partizione dove c'è l'nvram, quindi qualcosa c'è di sbagliato.
Fossi in te proverei cosi :
- fai il root al telefono e installa busybox on rails e riavvia (busybox dovrai lanciarlo e installare le applet)
- dietro la batteria ci sono gli imei, prendine nota
- al riavvio collega il telefono a mtkdroidtools e inserisci gli imei manualmente scrivendoli, poi riavvia
- se gli imei ci sono, fai subito un backup usando mtkdroidtools
A quel punto hai la copia di sicurezza.
Ora per ripartire da zero flasha la rom facendo format all+download così saranno formattate tutte la partizioni da zero, imei compresi.
Al riavvio fai la solita storiella sopra e ripristina il backup.
Così non dovresti perderli mai più.
Probabilmente si è corrotta qualche partizione nel flashing.
Mai effettuare prove se non hai un backup del telefono!