Le cose sono due o il malware è nel tuo telefono oppure, come suggerisci , è nel firmware ma se è nel firmware nessuno potrà darti un file originale "pulito" perchè appunto insito nel system.
Se vuoi puoi trovare la versione del firmware Android 5.1 quì :
https://www.needrom.com/download/zopo-speed-7/
Se dici poi che hai notato i popup dopo il flash e non prima allora il malware dovrebbe proprio essre nel firmware . Presumo tu abbia utilizzato Flashtool in modalità firmware upgrade e non semplicemente in modalità download only....anche se mi sembra strano : non ricordo infatti altri utenti che abbiano lamentato , dopo aver fatto l'aggiornamento a MM , un problema simile.