Semplicemente non puoi aggiornare con il telefono rootato, rischi fallimento aggiornamento o peggio bootloop.
Devi fare l'unroot, ripristinare i file modificati, aggiornare a Emui 3.1, e poi rifare il root.
Ci sono parecchie discussioni a riguardo, se fai un giro nella szione dedicata agli aggiornamenti trovi tutto.