Ho usato SuperSU per togliere il root ed ha funzionato..infatti l'app Root Checker Basic mi dice che il root non c'è più.
Se magari tu conosci un modo alternativo per fare l'unroot che possa cancellare anche il file causa del messaggio, avresti anche la soluzione al problema. Comunque ti invito a fare delle prove, tanto il root lo puoi rifare in ogni momento. A proposito il l'avevo fatto con Vroot e magari il mio problema dipende da questo, tu cosa hai usato per farlo?