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Quì hai ragione. Con l'OTA in teoria dovrebbero rimanere app e dati mentre con flashtool , necessariamente in firmware upgrade no ma , attenzione , molte volte , anzi quasi sempre , l'OTA da un sistema ad un altro ( e non quindi un semplice aggiornamento dello stesso firmware ) presuppone di fare successivamente un factory reset il che comporta lo stesso una perdita delle app e dei dati personali. senza contare poi che se un sistema ha root e recovery modificata l'ota al 99% non andrà a buon fine.