Con il Kernel modificato è improbabile che l'aggiornamento possa installarsi.
Con il solo SU si installa comunque, a meno che non ci siano altre modifiche che impediscano l'installazione.
Per la CWM... con l'aggiornamento OTA precedente (quella piccola patch di 1 MB) io avevo potuto installare da OTA anche senza togliere la CWM, ma non sono sicuro che sia lo stesso anche in questo caso. Comunque se si ha la CWM tanto vale installare l'aggiornamento dalla CWM scaricandosi il file