Certo che puoi usare setCPU... devi solo fare attenzione a non impostare il processore in overclock, perchè se ti si blocca il cell, rischi di rovinare la partizione ext4 (è scritto anche in prima pagina)...
ps. anche io uso setCPU con i valori consigliati da angelom e non ho mai avuto un problema.. (tranne quando ho deciso di overclockkare... la voglia di provare era troppa, però il cell mi si impuntava sotto sforzo ed ero costretto a rimuovere la batteria, danneggiando a volte la partizione ext4 e di conseguenza rifacendo la partizione daccapo).