Dipende dalle rom,alcune hanno la memoria esterna impostata come predefinita,altre no,ad esempio la rom stock ha come memoria predefinita quella interna.Ora se tu hai come memoria predefinita quella interna,whatsapp come tutte le altre app,salvano i dati su memoria interna,se poi installi una custom rom che ha come predefinita la micro sd,nel momento in cui installi whatsapp,è normale che non trova i backup , perchè nella sd non trova niente,in quanto prima i dati li salvava su quella interna.