un bel "adb shell rm /system/sd/*" e la paura passa
cmq se anche si cambia rom, teoricamente non serve cancellarle. infondo facendo lo wipe le impostazioni vengono cancellate lo stesso, poichè sono in /data/data, ho qualche dubbio però per la dalvik cache. Una cosa è certa però, facendo uno wipe e poi flashando un altra rom, le app restano ma nel market non risultano