Il backup locale di Whatsapp è automatico per tutti, avviene verso le 2 di notte e non è possibile modificarlo.
Al posto di spegnere il telefono puoi metterlo in modalità aerea.
È come se fosse spento, consuma pochissima batteria (forse il 2% in tutta la notte ma se lo metti in carica non perdi neanche quelli) e il backup di Whatsapp andrà a buon fine senza quella notifica che ti infastidisce.
Ormai spegnere il telefono è anacronistico dato che si può mettere in modalità aerea ottenendo lo stesso risultato.