Anche a me succedeva la stessa cosa: ho un Galaxy S4, con rom Blumak2000 3.1 basata sul firmware ITV MK8 4.3.
Ho provato in tutti i modi di risolvere questo problema(anche chiedendo qui, ma senza risposta!) e il tutto si è risolto quando ho cambiato rom. Ovvero: ho flashato una versione deodexd del nuovo firmware ITV, ML6 4.3 ed ora ricevo i messaggi di whatsapp in tutte le condizioni(wi-fi, connessione dati, durante le telefonate, in lockscreen) con tanto di avviso sonoro e iconcina nella status-bar.
Non sono riuscito a capire perchè facesse quel difetto: ho provato, varie volte, a disinstallare e reinstallare senza ripristinare i messaggi, nel caso qualcuno di questi avesse avuto un baco che causava il malfunzionamento.
Ripeto: si è risolto tutto con il cambio di versione del firmware, anche se fino ad un certo momento aveva funzionato anche con l'altro..
mah, misteri di android....