Google Now lo tengo disattivato, non mi serve a nulla.
Per vedere cosa tiene sveglio il telefono consiglio anche io di usare Better Battery Stats, che ti dirà quale processo blocca il deep sleep.
E per la partizione /system piena, può dipendere dalle GApps che usi o anche dalla ROM, ma visto che la partizione ha sempre le stesse dimensioni, piena o vuota non cambia, non potrai comunque utilizzare lo spazio libero in /system per delle foto, ad esempio. Quindi di quello non mi preoccuperei.