Se lo fai con il toolkit si. Perché la factory image contiene la radio e il bootloader specifico per tale versione, ma quando riaccederai e riconfigurerai il cell. ti arriverà la notifica dell'aggiornamento OTA.
1 se escono nuove versioni, o con il toolkit, o più semplicemente la scarichi in formato zip. e la flashi normalmente da recovery, senza dare nessuno wipe.
2 Le cartelle che ti ritrovi in sd le ha generate il toolkit, puoi cancellarle.
Lascia solo quella della tua recovery, perché se la cancelli, comunque essa al primo riavvio in recovery, si rigenerera'