si ho capito il problema..l'ho avuto anch'io..ripeto..probabilmente avevi il restore di una rom che usava l'apptosd,quindi avevi le applicazioni installate sulla sd..
Nel momento in cui hai fatto il wipe della ext, hai cancellato le applicazioni dalla sd..
Quando sei andato a fare il restore..ovviamente la tua rom,puntava le applicazioni nella sd..che nn ha trovato..quindi dice che sn insallate ma fisicamente le app nn ci sn..
ergo..reinstalla completamente la rom..