Stessa cosa che succedeva a me!
Ho risolto andando su impostazioni > applicazioni > tutte le applicazioni ( quadratino in basso a destra) . Qui cerchi l'applicazione " htc sense input " la apri e clicchi su disattiva!
Così finalmente la swiftkey rimane prederfinita
Per altre applicazioni non so, non ho avuto problemi se non con la swiftkey, ma penso valga lo stesso meccanismo meccanismo, basta disabilitare le altre app che non vuoi.