Dopo aver fatto l'upgrade alla 6.09 se entri in bootloader che leggi?
Mi sembra che tu abbia confuso un po' di cose.
6.09 lo flashi tramite fastboot non tramite recovery. Parliamo di zip firmware. Devi entrare in ruu ed eseguire l'update. Dando il comando due volte di seguito... Se è stato eseguito correttamente lo leggi nelle info in bootloader. Poi riavvia.
A prescindere dalla recovery quindi. E l'avvio della rom deve avvenire come avveniva prima, se avveniva.