E' normale: qualunque cambiamento attuato sulla rom precedente lo si perde col flash della nuova. Io direi per fortunaperché così scompaiono eventuali errori/incompatibilità.
Io preferisco e consiglio di partire sempre da un flash "pulito" (cioè con wipe di data e system, oltre che di cache e dalvik). Si spende più tempo, ma si ha la certezza che eventuali problemi non dipendono da nostri errori/configurazioni/installazioni.
EDIT: ho appena installato da recovery lo zip per rendere trasparente il widget del meteo: purtroppo la trasparenza è del 100% e rende difficile vedere il widget e le sue informazioni su sfondi a più colori e/o oggetti.