Alla fine del flash delle gapps (che hanno il Google Dialer), ti viene fuori scritto che devi impostarlo, non so il perchè.
Se usi gapps che non contengono il Google Dialer (come le micro o mini), non devi fare nulla, dato che il sistema ha già come predefinito quello stock.
EDIT: Forse bisogna impostarlo perchè avendo il Google Dialer, quello della CM viene rimosso e quindi bisogna impostare quello Google.