Hai provato ad evitare che partano tutte al boot?
Molte app, per esempio quelle per il meteo, o quelle dei social network, ma anche una infinità di altre applicazioni (Maps ecc. ecc.) si avviano al boot del cellulare occupando memoria RAM. Se ha una rom moddata, avrai anche i permessi di root quindi puoi usare una app come Gemini (e fanno 201 se non ce l'hai già) per togliere il loro avvio al root lasciando libera la memoria e alleggerendo un pò il cel. Dovresti fare questa operazione per tutte le app... 4-5 giorni dovrebbero bastare...
Consiglio: factory reset, flassha di nuovo la rom con tutti i dalvik del caso, installa un pò meno app e quando le installi cerca di capire se è il caso che si avviino al boot, altrimenti stoppale come detto sopra.
La scheda SD di cui parli è molto buona, non credo sia sua la "colpa".