Anche se hai sbloccato il bootloader, puoi installare il firmware ufficiale (ovvero quello basato sulla 4.4) tramite fastboot (dato che non puoi fare gli OTA, visto che hai fatto il root).
Fai un bel backup dei dati e segui la procedura indicata al primo post di questa discussione. Dopo aver fatto ciò, devi entrare in recovery e fare un wipe data. All'avvio del telefono ripristini il backup e l'aggiornamento è completato.
Scusa ma proprio non capisco dove sia il problema.