Non per fare polemica, ma il root non influisce sugli aggiornamenti, testato personalmente.
Semmai si deve controllare se grazie ai permessi di root non si sia rimossa o congelata/disattivata qualche applicazione di sistema.
In tal caso l'aggiornamento viene segnalato, scaricato, ma fallisce l'installazione.
La cartella /system deve essere integra, poichè l'OTA esegue una verifica a riguardo prima di procedere.