Ho dato un'occhiata alla ROM e allo script edify delle nightlies: sono installabili anche da stock recovery. Non puoi inserire le app che hai estratto (complete di .odex) direttamente nello .zip in quanto è firmato. Dovrai prima installare la nightly e poi attivare il root (arrivano col superuser Cyano abilitabile) e infine copiare le app (.odex inclusi) nelle directory da cui le hai estratte (system/app o system/priv-app) settando i permessi corretti (rw-r--r--). Comunque non tutte le app funzionano con le nightlies.
P.S. Le nightlies sono deodexed...visto in questo istante dentro lo .zip. Quindi ti servono le app deodexed.
P.S.2 Comunque nel link che ho segnalato ci sono le app già deodexed.