Secondo me sono i dati i responsabili di questo variare di memoria di cui parli.. Visto che hai link2sd fai questa verifica così capisci se è così o no.. Segnati i dati di ogni app prima dell'avviso di memoria piena e quando ti arriva l'avviso vedi se i dati della app che stavi usando sono aumentati.. Prima però svuota la cache..
L'unico cosa che mi viene in mente che varia in proporzione all'uso di alcune app come facebook sono cache e dati.. La cache hai detto che la cancelli quindi saranno i dati secondo me.. Fai la prova..
Poi se proprio vuoi esplorare determinate cartelle come dicevi scaricare un file manager root come solid explorer
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