Sicuramente si. Io quando devo sostituire una app sulla systems preferisco farlo a sistema operativo non caricato, quindi da recovery è molto più sicuro che andare con root explorer sulla system a rinominare o cancellare file che spesso e volentieri sono in esecuzione. Diciamo che è il metodo più safe.
Domanda: Perchè la vuoi cambiare se non hai più il problema delle thumbnails ?