La cartella system contiene tutte le informazioni necessarie per il funzionamento del cell. Avrai sbagliato qualcosa nel dare i permessi ma l'errore più grande è quello di non avere un nandroid backup.
Ed infatti nella recovery di jelly bean c'è la funziona "advanced restore" che ti fa selezionare quali parti del backup ripristinare, ma non avendo un nandroid diventa tutto inutile.
A mio avviso, devi fare un full wipe per ripartire. E ricorda che appena hai una situazione stabile, con un perfetto funzionamento della rom e app che monti, fai subito un nandroid e lo conservi sulla sd. Ti potrà tornare sempre utile e bastano 5 minuti per farlo.
Si ora ho letto
L'intuizione è giusta (o comunque fare un tentativo), ma è sempre difficile sistemare le cose quando si va ad intaccare la cartella system.
Purtroppo in poche guide (soprattutto quelle di mod o di app che vanno appunto in system) c'è scritto di fare tassativamente un nandroid backup.