L'app e il processo sono due cose diverse; prendi whatsapp, immagina di chiuderlo premendo il tasto indietro, se tieni premuto il tasto home non ti apparirà tra le app recenti e quindi non l'avrai in background. Questo poco ti risolve perché se ti arriva un messaggio su whatsapp poco dopo, ti appare la notifica e il cell si risveglia. Greenify questo non lo permette. Anzi direi che le app è meglio non chiuderle col tasto indietro perché è meglio che sia Android a gestire la chiusura delle app in background.